Návod k instalaci

Projekt vyžaduje Python >= 3.11, doporučeno použít uv.

uv venv .venv
source .venv/bin/activate
uv sync

Po instalaci lze používat notebooky a skripty ve složkách qsar/, qspr/ a common/.

Ukázka spuštění

./.venv/bin/python common/global_ecfp_visualization.py \
  --mode qsar \
  --receptor ar \
  --importance boruta-shap \
  --model xgb \
  --smiles "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O"

Ukázkový výstup tohoto spuštění:

Ukázkový výstup similarity map pro QSPR XGBoost Boruta-SHAP

Součástí projektu jsou také notebooky ve formátu .ipynb, které sloužily pro experimenty, trénování modelů a vyhodnocení výsledků.